Σε μια παραγωγική διαδικασία όπως αυτή ενός σύγχρονου αλευρόμυλου το κομμάτι της υγιεινής είναι αρκετά απαιτητικό και πολύπλευρο.
Για να γίνει πιο κατανοητό θα το διακρίνουμε σε εσωτερικό και εξωτερικό. Ξεκινώντας με το εσωτερικό κομμάτι αναφερόμαστε σε διαδικασίες τις οποίες από μόνη της κάθε εταιρία στο εσωτερικό της περιβάλλον πρέπει να έχει εξελίξει και να τηρεί. Αυτές οι διαδικασίες περιλαμβάνουν εργασίες όπως η διατήρηση των πρώτων υλών στις σωστές συνθήκες, ο συνεχής καθαρισμός όλων των χώρων του εργοστασίου, διατηρώντας πάντα καθαρά τα δάπεδα. Επιπροσθέτως ο μηχανολογικός εξοπλισμός και οι κτιριακές εγκαταστάσεις επιβάλλεται να βρίσκονται πάντα σε καλή κατάσταση, για την αποφυγή διαφόρων μηχανολογικών βλαβών οι οποίες θα αλλοίωναν το τελικό προϊόν. Για να υλοποιηθούν αυτά είναι απαραίτητο να υπάρχει τακτικό πρόγραμμα συντήρησης και να ακολουθείται πιστά.
Όσο αναφορά το εξωτερικό κομμάτι εννοούμε το στάδιο της επιλογής της πρώτης ύλης έως και την εισαγωγή της στα ενδότερα στάδια της παραγωγής. Πέραν λοιπόν από τα ποιοτικά κριτήρια που θέτει η εταιρία για την επιλογή της πρώτης ύλης όπως π.χ. η ποιότητα της πρωτεΐνης, θα πρέπει να θέτει ανάλογα κριτήρια υγιεινής. Αυτά περιλαμβάνουν το μικροβιολογικό μέρος το οποίο έχει να κάνει με τους διάφορους βλαβερούς μύκητες και τοξίνες που ίσως φέρει η πρώτη ύλη εξαιτίας των συνθηκών και του τόπου καλλιέργειας. Σημαντικό επίσης είναι να μην υπάρχουν υπολείμματα φυτοφαρμάκων αλλά και βαρέων μετάλλων τα οποία έχουν την ιδιότητα να συσσωρεύονται στον ανθρώπινο οργανισμό καθώς δεν διασπώνται εύκολα.
Ένας μύλος που δεν ακολουθεί κάποιο από τα παραπάνω σημαντικά και επιτασσόμενα κριτήρια υγιεινής βάζει σε μεγάλο διατροφικό κίνδυνο τον τελικό καταναλωτή καθότι υπάρχει το ρίσκο τα τελικά του προϊόντα να είναι επιβαρυμένα.